Quand l'archéologie est impuissante, faites appel à la génétique ! Ce conseil est lancé dans la revue PLoS Genetics du 10 avril par une équipe de recherche internationale qui vient de retracer l'origine des Pygmées par l'étude de l'ADN. Dans les forêts humides et sombres où vivent ces chasseurs-cueilleurs, les derniers d'Afrique, les sols sont trop acides pour conserver les traces du passé. Ce n'est donc que grâce à l'étude du patrimoine génétique et de ses mutations qu'on peut remonter le fil du temps.
La préhistoire que les chercheurs décrivent est la suivante : les ancêtres des Pygmées et des populations actuelles d'agriculteurs africains se sont séparés il y a environ soixante mille ans. Quant aux deux principales populations pygmées actuelles, qui vivent dans des massifs forestiers distincts, à l'est et à l'ouest du continent noir, elles se seraient séparées il y a vingt mille ans.
Pour parvenir à ces conclusions, les chercheurs de l'Institut Pasteur ont analysé le génome de 236 personnes grâce à des prélèvements buccaux effectués parmi sept populations pygmées et cinq groupes d'agriculteurs. Ces échantillons ont été prélevés par des linguistes (université Lyon-II) et des ethnobiologistes (Muséum national d'histoire naturelle). Ils ont permis la comparaison de 24 régions non codantes de l'ADN. En fonction des variations observées, et en tenant compte d'une vitesse moyenne de mutation (l'horloge génétique), il a été possible de distinguer à quelle époque les ancêtres de ces populations avaient divergé les uns des autres.
Les résultats obtenus diffèrent quelque peu de ceux livrés, il y a un an, par la même équipe, en se fondant sur l'ADN mitochondrial, c'est-à-dire transmis uniquement par les femmes. La séparation des Pygmées et des autres Africains était alors évaluée à soixante-dix mille ans. Mais ces dix mille années d'écart, vu les incertitudes de cette méthode indirecte de datation, constituent plutôt une confirmation de la validité de l'approche, plaide Lluis Quintana-Murci (Institut Pasteur), qui a coordonné ces travaux : "Trouver la même date ou presque, c'est déjà énorme !", indique-t-il.
Quels enseignements tirer de ces nouvelles mesures ? "Soixante mille ans, c'est aussi la date à laquelle on assiste à la sortie d'Afrique d'Homo sapiens, note le généticien. A cette époque, il y a donc bien une révolution démographique qui cause à la fois cette sortie d'Afrique et la séparation des populations restées en Afrique."
La génétique tranche un vieux débat sur l'origine des deux groupes de Pygmées, vivant près du lac Victoria, à l'est, et dans le bassin du Congo, à l'ouest, séparés par plusieurs milliers de kilomètres. Les deux groupes ont-ils une origine commune ou ont-ils acquis leur stature actuelle par un effet de convergence ? Le caractère "petite taille", offrant un avantage dans l'environnement des "forêts galeries", serait alors apparu de façon indépendante dans les deux zones...
Résultat ? "Nos données montrent une origine commune et récente, il y a vingt mille ans, répond Lluis Quintana-Murci. Or c'est à cette époque qu'est intervenu le dernier maximum glaciaire." La dernière période glaciaire - au cours de laquelle une grande calotte de glace recouvrait la majeure partie de l'Amérique du Nord - a eu des répercussions sur le continent africain. En particulier, elle a pu contribuer à une rétractation progressive d'une longue bande de forêt équatoriale qui s'étendait d'est en ouest, sur toute la largeur du continent noir. Cette forêt a pu se diviser en deux poches distinctes, séparant ainsi en deux groupes ceux qui en étaient les hôtes.
Reste une énigme : quand les ancêtres des Pygmées et des populations bantoues actuelles se sont génétiquement séparés, tous les Homo sapiens africains étaient chasseurs-cueilleurs. L'agriculture ne s'est en effet développée qu'il y a cinq mille ans en Afrique. Ce n'est donc pas cette révolution agraire qui explique la divergence initiale. Cette dernière est-elle due à une différence d'adaptation aux deux grands milieux africains, forêt et savane ?
"Pour le savoir, nous allons rechercher des signatures génétiques de sélection naturelle différentes vis-à-vis des agents pathogènes et aussi du climat de ces deux environnements", dit Lluis Quintana-Murci. Les biologistes vont se pencher sur les récepteurs majeurs du système immunitaire, et les mettre en rapport avec les microbes caractéristiques de chacun des écosystèmes.
Ils espèrent pouvoir comparer ces adaptations génétiques avec celles qu'a pu engendrer l'apparition de l'agriculture. "L'explosion démographique, la sédentarisation et la domestication qui la caractérisent font un cocktail magnifique pour la transmission de maladies infectieuses, rappelle Lluis Quintana-Murci. A l'Institut Pasteur, ce sont ces aspects qui nous intéressent en premier lieu." Or ces maladies, il a fallu s'y adapter. Vivre de plus en plus rapprochés les uns des autres, au contact d'animaux domestiques porteurs de pathogènes parfois transmissibles à l'homme, a sans doute été le levier essentiel de l'évolution récente d'Homo sapiens.
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