Des bactéries mutantes volontairement.

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Au sein de l’Université de Strasbourg et plus précisement du laboratoire Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie (GMGM), les travaux de l’équipe « Ecophysiologie Moléculaire des Procaryotes », dirigée par P. Bertin, concernent principalement les métabolismes microbiens impliqués dans la résistance et la détoxication d’éléments comme l’arsenic.
Dans le cadre du réseau de recherche CNRS « Métabolisme de l’Arsenic chez les Microorganismes » (GDR2909), des approches de génomique descriptive et fonctionnelle, combinée à des méthodes génétiques et biochimiques, sont mises en oeuvre pour décrire la physiologie de microorganismes isolés d’environnements naturels ou anthropisés. Des outils de génomique environnementale ont été récemment développés afin de caractériser des communautés complexes et identifier, y compris chez des micro-organismes non cultivés, de nouvelles fonctions potentiellement impliquées dans la remédiation de sites contaminés.
Alors que les souches d’Herminiimonas précédemment étudiées semblent inféodées à quelques niches écologiques, les bactéries du genre Thiomonas sont présentes dans la plupart des environnements contaminés par l’arsenic. Afin de comprendre ce qui leur permet de survivre dans ces milieux, le génome de l’une d’entre elles a été analysé en détail. Il a ensuite été comparé à d’autres souches de Thiomonas, originaires du même site ou provenant d’environnements différents et appartenant ou non à la même espèce selon les critères classiques de phylogénie.
Les travaux ont pu montrer que ces bactéries possèdent un pool de gènes variables leur permettant de survivre et de coloniser efficacement un environnement toxique. Les chercheurs expliquent cette acquisition de résistance en partie par la présence de phages (virus de bactéries) dans les milieux étudiés. En effet, par leur rôle dans le transfert de gènes de résistance et dans les événements de réarrangements du génome, les phages sont des acteurs probables de l'adaptation de la souche à son environnement.
L’analyse approfondie des données génomiques suggère également que l’environnement spécifique de ces microorganismes influence l’évolution de leur génome.
Tous ces phénomènes conduisent à une importante variabilité génétique, y compris chez des bactéries très proches plylogénétiquement, et élargissent ainsi la vision relativement restreinte de l’espèce bactérienne.




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